Карьера актрисы начиналась с ее появления в шоу на ТВ «Закон и порядок», «Убийство: жизнь на улице». Продюсер последнего, Том Фонтана, пригласил Фалько на роль жены полицейского после того, как увидел ее в роли Дениз в картине «Законы неизбежности» в 1992 году. Фонтана сказал, что она актриса, которая «играет так просто и честно, что захватывает дух». Позднее Эди стала персонажем (надзиратель Диана Виттлеси) следующего проекта Фонтана сериала «Тюрьма Оз», который транслировался на общенациональном канале NBO. Прорывом в карьере стала небольшая роль в картине Вуди Аллена «Пули над Бродвеем». Благодаря дружбе с бывшим одноклассником Purchase College Эриком Мендельсоном, Эди получила эту роль. Эрик снимал Фалько и в своих проектах – картине «Джуди Берлин», за которую на фестивале кино Сандэнса он получил звание «лучший режиссер» и в фильме «3 Backyards», за который снова получил «лучшего режиссера». Эрик Мендельсон – единственный режиссер, получивший эту премию дважды. Эди Фалько, Джиллиан Андерсон, Тина Фей и Америка Феррера – актрисы, которые за один год получили премии Гильдии киноактеров, «Эмми» и «Золотой глобус».
Эди была награждена за роль Кармелы в четвертом сезоне сериала «Сопрано». Фалько выиграла четыре премии «Эмми», два «Золотых глобуса» и пять премий Гильдии киноактеров. С участием актрисы вышли известные фильмы «Части тела», «Доверие», «Случайные сердца», «Земля полицейского», «Солнечный штат», за который Эди получила премию кинокритиков Лос-Анджелеса как лучшая исполнительница второстепенной роли. Фалько играла в Бродвейском театре в «Side Man» и в пьесе «Frankie and Johnny in the Clair de Lune». Она появилась в качестве приглашенной звезды в телесериале «30 Rock» и «Will & Grace». В июне 2009 года на канале Showtime состоялась премьера черной комедии «Сестра Джеки», где Эди исполняет главную роль.
В 2011 году Эди играет в бродвейской постановке «House of Blue Leaves», за которую получает первую номинацию на премию «Тони» как лучшая актриса. Эди Фалько номинирована на «Эмми» 2011 как выдающаяся актриса комедийного сериала «Сестра Джеки».